El Área Profesional regula y controla la formación de especialistas para todo el país en todas las especialidades necesarias en el SNIS, así como sus procesos de renovación y actualización. Comprende las carreras de Especialización, Diplomatura y Maestría Profesional. Al momento actual, existen más de 50 especializaciones y 20 diplomaturas. Estas actividades formativas se llevan a cabo en las distintas Unidades Académicas y en los Centros Docentes Asociados (CEDAs). El Centro de Posgrado es quién autoriza y controla a las instituciones de salud públicas y privadas de todo el país, que actúan como centros de formación de recursos humanos.